En la Ley territorial del 13 de diciembre de 1855, aparece como tenencia del municipio de Paracho.
El 20 de noviembre de 1861, se le otorga el rango de municipio, perteneciendo al distrito de Paracho, junto a Nahuatzen y Cherán el Grande. En este tiempo, llevaba el nombre de Charapa.
En 1862, al dividirse el estado en departamentos, Charapan no aparece considerado como municipalidad, lo que hace suponer que se le asignó la categoría de tenencia.
En 1901, el Congreso expidió un decreto en relación al territorio y la administración del estado, donde aparece nuevamente Charapan como municipio, considerándose que en ese año, se le restituyó ese rango.
Charapan, conocido como "lugar de tierra colorada", tiene una rica historia que se remonta a la época prehispánica.
La localidad fue fundada por Fray Juan de San Miguel y se encuentra a una altitud de 2,360 metros sobre el nivel del mar.
A lo largo de los años, Charapan ha sido un lugar de importancia cultural y social, con una población que ha mantenido sus tradiciones y costumbres a lo largo del tiempo.
La historia de Charapan incluye la existencia de varias tribus en sus alrededores y la fundación de la localidad por un cacique llamado Fray Juan de San Miguel.
La localidad ha sido un lugar de refugio y crecimiento para sus habitantes, adaptándose a las condiciones del entorno y a las necesidades de su comunidad.
